作为高产农业、绿色农业之后的又一次农业革命，功能农业是第三个农业阶段，它是面向未来的。

早在2008年，以赵其国院士为组长的中国科学院农业领域战略研究组编纂的《中国至2050年农业科技发展路线图》首次提出：功能农业是通过生物营养强化技术或其他生物工程生产出具有健康改善功能的农产品。